NCBI SRA · 16S rRNA · machine learning classroom

三疾病腸道菌相教材庫

從 SRA 找出 IBD、大腸直腸癌、第二型糖尿病的人類 16S 資料， 並附上可直接餵給分類器的樣品分群表。 序列下載跑在實驗室主機 10.0.1.100。

下載／分析進度

每小時從 10.0.1.100 同步到 GitHub Pages。


    


    

    

      

        
選定的三個隊列

        
公開資料、體積適合課程、且能從 BioSample／樣本代號抽出監督式學習標籤。

      

      

    


    

      

        
樣品分群（機器學習標籤）

        

          每筆 run 對應 ml_label。下載
          ml_labels.csv
          或單一疾病檔。
        

      

      

        
        
      

      

        

          
            

              疾病
              Run
              樣本
              標籤
              性別
              年齡
              組織
              MB
            

          
          
        

      

    


    

      

        
10.0.1.100 下載

        

          主機路徑 /home/hlc/SRA_16S_ML/。
          若你在同一區網開啟本頁，可看到即時進度；GitHub Pages 則顯示教材檔與指令。
        

      

      
正在偵測本機 API…

      
    
        
  1. 分群表已進 Git 與主機（不需再從 SRA 猜病例／對照）。
    2. 
        
  2. 序列以 SRA Toolkit 3.4.1 prefetch + fasterq-dump 下載。
    3. 
        
  3. 課程建議特徵：QIIME 2 相對豐度表 × ml_labels.csv → sklearn 分類。
    4.